MEME网站怎么用(mew网址)
本篇文章给大家谈谈MEME网站怎么用,以及mew网址对应的知识点,希望对各位有所帮助,不要忘了收藏本站喔。
本文目录一览:
- 1、B站标题后面带Meme的手书是什么ヽ(゚∀゚)ノ???
- 2、meme是啥意思
- 3、如何使用SPDE进行基因家族分析---蛋白结构域、启动子元件、保守结构域
- 4、b站上的meme是什么意思
- 5、基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(二)
B站标题后面带Meme的手书是什么ヽ(゚∀゚)ノ???
meme是模因也可以理解为梗,意思是会传播延续类似的东西,这种带有meme的手书会引发别人来评论或者传播。
meme可以认为是“梗”的同义词。中文有大量不同的翻译,如:音译的 媒母、米姆、弥因、谜米、弥母,或者意译的 模因、拟子等等。
meme一词的创造者将其定义为“在诸如语言、观念、信仰、行为方式等的传递过程中与基因在生物进化过程中所起的作用相类似的那个东西。”现在多用于指代互联网上快速病毒式传播爆发的文化现象。
meme的载体体裁形式多样,可以是一句话、一张图片、一段旋律、一个行为甚至一个词。英语中meme也做名词使用,通常指具有某种梗的图片。
B站介绍:
哔哩哔哩(Nasdaq:BILI;英文名称:bilibili,简称B站)现为中国年轻世代高度聚集的文化社区和视频平台,该网站于2009年6月26日创建,被粉丝们亲切地称为“B站” 。
2018年3月28日,哔哩哔哩在美国纳斯达克上市 。2020年9月15日,B站定制的视频遥感卫星——“哔哩哔哩视频卫星”成功升空 。
meme是啥意思
meme图是各个领域带文字的梗图。
meme是一个网络流行语。指在同一个文化氛围中,人与人之间传播的思想、行为或者风格。译为“模因”、“迷因”等,但通常被直接称为“meme”。
作为一种流行的、以衍生方式复制传播的互联网文化基因,米姆最初诞生时候具有匿名作者、较低娱乐性的特征,曾经风靡网络的绿豆蛙和兔斯基等卡通形象及其衍生作品,都可视作国内互联网米姆现象的萌芽。另指雅虎西班牙语微博网站。
如何使用SPDE进行基因家族分析---蛋白结构域、启动子元件、保守结构域
在进化树建完后,需要对序列的结构进行分析。这里需要区分两个概念,即蛋白结构域与保守结构域,它们两个不是一回事。从上一章,通过pfam方法同学们可以获得蛋白结构域的信息(即结构域的名字,从哪儿开始到哪儿结束),而保守结构域,它指的是在你所输入的这些序列中保守的序列是哪些。至于这些保守的序列到底能不能到蛋白结构域(即可以预测有功能的结构域)的那个层次还不好说。
保守结构域通过meme网站( MEME - Submission form (meme-suite.org) ):
选择要检测出多少保守结构域
选择text格式:
接下来开始绘图:
需要基因id以及每个基因的长度(即输入到meme网站的那些~):
需要格式化meme的结果同时也需要这些基因的ID, ID的获取:
格式化meme:
这些文件都是自动完成,大家只需要点点点就好:
绘图:
这样就完成了保守结构域的绘制。且每单击一次default colors, 颜色都会自动配置一次,然后再度点击draw即可完成颜色的更改。其他参数参照之前的说明。上一张图吧:
在上一章讲到的pfam的结果可用于提取蛋白结构域。建议同学们:如果你的文件里,基因名字过于复杂,就是含有额外信息,建议大家利用格式化的功能将这些额外去除掉,因为这些额外信息在后续的分析中基本不会用到但如果保留它们则会对后续的一些分析产生干扰。
这里要注意一个问题,如果所研究的家族有多个结构域,需要依次对它们的pfam结果进行格式化。格式化的结果类似于这样:
之后将该结果合并在一起(就是直接复制粘贴)以及上一步的基因ID+长度的那个文件输入作图模块中进行作图即可。
再就是启动子元件的展示。需要提取启动子序列,功能在这里:
执行此功能,同学们需要注意一个问题,就是你蛋白序列文件中的ID可能与gff3文件里的ID有出入,需要稍微调整,例如:
通过比较可以发现蛋白文件中的多了“.p” 而gff文件中的多了“.v1.ABR2.1”,因此需要进行替换(就是一定要保证蛋白文件中的ID与gff文件中mRNA那一行对应的ID是一样的),替换功能在这里:
当然,同学们如果不习惯用SPDE也可以用其他软件例如word替换,这里设置的替换功能,真正的用处是在执行多个关键词同时替换的时候,这种单个关键词的替换,完全展现不出威力~。替换完成后,如下:
这个文件将作为提取启动子的关键词。对基因组序列文件进行格式化:
提取的启动子如下:
将启动子放到plantcare( PlantCARE, a database of plant promoters and their cis-acting regulatory elements (ugent.be) )进行启动子序列的分析。
这里有个点儿需要注意:一个基因的启动子上有很多元件,如果将这些元件都展示在启动子上会将图整的跟食品包装袋后的条码似的,这并不利于我们展示重点想要展示的东西,因此,这里需要同学们根据自己的实验目的进行删减,例如,如果同学们想要展示的是胁迫条件下的情况,则可以将一些无关元件(如TATA等)删除,只保留重点先要展示的,这样也使得我们的研究结果一目了然。具体操作步骤与之前相同:
结果:
接下来是展示内含子和外显子的分布情况,当然还是要先处理文件,需要的是基因ID和GFF文件:
得到的文件如下:
之后画图
嗯,大致是这样子的吧
同学们在做的时候如果基因数量多,大可考虑将这些基因分成几组展示~
b站上的meme是什么意思
b站上的meme意思是指在同一个文化氛围中,人与人之间传播的思想、行为或者风格。
一个常见的meme应当是如图所示的,根据一些有意思的图片来配上文字,以达到令人意想不到却发现图文完全契合的效果。(所以meme也被翻译为“梗图”。)这种基于图片的形式保留了巨大的创作空间,让每个人都可以做出属于自己的meme。
广义上是指在同一个文化氛围中,人与人之间传播的思想、行为或者风格。译为“模因”、“迷因”等,但通常被直接称为“meme”。现在多用于指一些传播性很强的图片或视频。主要流行于欧美国家。其实在很多国家都能找到类似的文化。
如中国的表情包,日本的日式冷笑话等。牛津字典中,meme的音标为 /mim/ 。大概类似于“米姆”。
B站介绍
B站一般指哔哩哔哩。 哔哩哔哩(NASDAQ:BILI;HKEX:9626),英文名称:bilibili,简称B站,是中国年轻世代高度聚集的文化社区和视频网站,该网站于2009年6月26日创建,被网友们亲切地称为“B站”。
基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(二)
系列目录:
基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(一)
基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(二)
通过上一部分的分析得到了以下数据:
接下来利用获得的这些数据进行 可视化 。
1.motif分析
meme: ;方法参见 MEME 在线网站查找motif步骤
2.基因结构,同样适用TBtools
3.构树
TBtools合并以上三个分析:
参考:
01 MEME 在线网站查找motif步骤
02 [软件使用] 使用TBtools重新绘制MEME motif图 ;tid=2312highlight=MEME
03 TBtools基因家族分析详细教程(2)基因家族成员的基本分析
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